Das Layout des ASUS P6X58D-E ist tadellos. Einziger Kritikpunkt findet sich bei den PCI-Steckplätzen. Praktisch ist einer immer verdeckt, sobald eine Dual-Slot-Grafikkarte eingesetzt wird.

Das Mainboard verfügt über drei PCI Express x16 2.0 Steckplätze. Slot 1 und 2 sind über jeweils 16 Lanes angebunden. Der dritte Slot verfügt über eine Lane oder zweigt acht Lanes vom zweiten Slot ab - je nach eingesteckter Erweiterungskarte. Daneben gibt es noch einen PCIe x1 Slot und zwei PCI-Steckplätze.

Das ATX-Panel verfügt über einen CMOS-Reset-Taster, zwei PS2-, einen Gigabit-LAN-, einen eSATA-, vier USB 2.0- und einen FireWire 400-Port. Durch den bekannten NEC Controller werden zwei (blaue) USB 3.0 Ports angesteuert. Der Sound kann über sechs analoge Ein-/Ausgänge sowie einen optischen oder coaxialen Digitalausgang abgegriffen werden. Trotz der großen Lücken zwischen den Anschlüssen hat sich ASUS gegen einen eSATA-Port entschieden - schade.
Auf dem Mainboard sind außerdem noch zweimal zwei USB 2.0-Anschlüsse und ein FireWire (400 Mbit)-Port zu finden. Die ICH10R-Southbridge bietet sechs SATA 2.0 Ports, während die beiden SATA 6 Gbit/s-Ports durch einen Marvell Controller bereitgestellt werden.
Für Lüfter sind insgesamt zwei 4-polige und drei 3-polige Anschlüsse vorgesehen.